Umowa pomiędzy fundacją Lux Veritatis, kierowaną przez o. Tadeusza Rydzyka, a firmą Rafako, odpowiedzialną za budowę Muzeum „Pamięć i Tożsamość” im. św. Jana Pawła II, została niespodziewanie zerwana. Przewodzący fundacji oskarżyli Rafako o niezrealizowanie zobowiązań wynikających z kontraktu. Firma jednak podchodzi do kwestii inaczej. Wskazują na to, że ich wierzytelność wobec fundacji wynosi ponad 20 milionów złotych. Ponadto zarząd spółki zgłosił podejrzenie popełnienia przestępstwa.
Przed poprzednimi wyborami parlamentarnymi, ówczesny zarząd Rafako doszedł do porozumienia z Muzeum „Pamięć i Tożsamość” im. św. Jana Pawła II – co umożliwiło otwarcie budynku dla publiczności jeszcze przed głosowaniem. Fundacja Lux Veritatis przekazała wówczas firmie listę drobnych niedoskonałości do usunięcia tuż po inauguracji muzeum. Jak informuje Rafako, te drobne kwestie nie wpływały na możliwość organizowania uroczystego otwarcia oraz kolejnych wydarzeń. Rafako zobowiązało się do usunięcia tych niedoskonałości, co skutkowało opóźnieniem w ostatecznej płatności za prace budowlane. Dodatkowo, firma opracowała szczegółowy harmonogram kolejnych prac.
Wszystko uległo zmianie po ogłoszeniu wyników wyborów parlamentarnych. Firma Rafako twierdzi, że fundacja Lux Veritatis przestała z nimi współpracować i zaczęła utrudniać proces usuwania wcześniej zgłoszonych niedoskonałości.